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浙江大学44期“基因组科学”研习班

 地点:浙江  发布时间:2014/10/5 12:08:59 字体大小:+



 

开班时间:2014年11月21-27日

上课地点:杭州 浙江大学华家池校区

随着众多生物基因组测序项目的完成,生物学数据正在加速度增长。如何科学地分析和注释这些高通量数据,已成为生物学工作者急需学习和解决的问题。

浙江大学“基因组科学”研习班邀请北京基因组所于军教授、胡松年教授为您讲授基因组学基础知识和前沿进展、基因转录组的测定及分析、基因芯片、二代测序等实验技术的关键事项;浙江大学杨军教授、陈铭教授等讲解系统生物学及高通量分析研究方法和思路。

 

本研习班多次获得浙江大学优秀项目创新奖,目前已举办43期,学员来自全国30余个省市,累计培训学员4200余名。每次研习班不乏教授、博导参加,更受到博士后、硕博生等年轻学者的青睐。他们中有一些带着课题或问题前来交流和联系,不少学员通过本研习班建立了长期协作关系,共同申请国家973、863课题,共同发表论文,其中不少优秀的研究成果,已在SCI期刊上发表。

一、培训班上课内容

上课内容涵盖“基因组学—蛋白质组学—系统生物学”的研究方法、技术思路、前沿进展及其在各生物学科中的应用。

核心课程包括:

1. 基因组的比较研究、DNA测序技术原理与进展(讲课人:于 军 教授)

2. 转录组的测定与分析、大规模测序方法及应用、微生物基因组学(讲课人:胡松年教授)

3. 系统生物学建模分析及高通量分析技术应用(讲课人:杨军、陈铭教授等)

4. 蛋白质组学概论及应用 (讲课人:钟伯雄教授)

二、培训班上机内容

上机实习课采用 “跟我学”方式,学习实践各类基础生物信息学软件,每人一台PC机跟着大屏幕一步步学会基因组、蛋白质组学数据分析的基本方法。

主要内容如下:

实习一: 基因组数据注释和功能分析

通过序列比对工具BLAST的学习,了解基因功能注释的原理;介绍多序列联配工具ClustalX及分子进化分析软件MEGA4,掌握系统发生树绘制的基本方法,认识基因复制在进化上的功能。

实习二: 核苷酸序列分析

学习基因序列分析常用的数据库和软件,包括:基因预测,编码区结构分析,选择性剪切分析,基因启动子预测,基因调控元件预测,密码子偏好性分析等内容。

实习三: 芯片的基本数据处理和分析

使用TM4软件来实现芯片的数据采集,低质量过滤,标准化处理及聚类等可视化分析;使用GenMAPP软件挖掘芯片数据在代谢途径中的生物学意义;介绍NCBI GEO数据库,学习检索和提交芯片数据。

实习四:蛋白质结构与功能分析

从数据库搜索感兴趣的蛋白质氨基酸序列开始,接着对蛋白质基本理化性质、二级结构、和三维空间结构和序列模体进行分析,预测目标蛋白的生物功能。

实习五: 蛋白质组质谱分析

使用X!Tandem、Mascot、Sequest等软件鉴定蛋白质质谱数据,将质谱结果匹配到蛋白质组数据库鉴定蛋白;使用TPP软件包进行统计学分析和优化检索结果练习。

三、培训对象

1、无生物信息学背景,希望了解生物信息学的学员;

2、计划开展各类组学研究的科研人员;

3、已有组学数据需了解分析方法的研究人员;

4、有志从事生物信息学相关工作的学生或者技术人员。

四、报名方法

若有参加意向,请将以下报名表回执.下载doc,我们会即刻回函并在浙江大学继续教育系统录入,待排定课表后发给您详细课程表。待您再次确认后,发给您报到通知并排定上机号。培训结束,发放浙江大学继续教育证书。

五、教材

“DNA和蛋白质序列数据分析工具”(第三版), 薛庆中等编著,科学出版社出版 2012年6月发行。

六、其他事项

收费标准:注册费为¥3000/人,安排食宿、费用自理。

联 系 人:沈志成 13958194424 咨询电话:0571-86971539

电子邮件地址:zcniszc@zju.edu.cn; genetrain@zju.edu.cn

会议时间  2014-11-21至2014-11-27                               

会议地点  浙江杭州

主办单位  浙江大学 北京基因所

联系人  代成林

电话  18757558672

Email  daichenglin@zju.edu.cn

会议规模 100人以上

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